- a -

• algorithm : Options
• avg_path_length : RK

- b -

• bit_efm : MetabolicNetwork
• buffer : BitEfm
• bytes_per_efm : BitEfm

- c -

• collapsed_ineff_efm_indices : RK
• compressed_mode : MetabolicNetwork
• config_fname : Options
• core_efm_indices : MetabolicNetwork
• core_efms : MetabolicNetwork
• core_min_yields : MetabolicNetwork

- e -

• eff_efm_indices : MetabolicNetwork
• efm_bit_fname : Options , BitEfm
• efm_indices : UFES
• efm_meta_fname : Options
• efm_yields : MetabolicNetwork
• erk_enum_time : EnumEffKnocks
• erk_fname : EnumEffKnocks
• erk_map : EnumEffKnocks

- f -

• file_length : BitEfm

- i -

• inactive_reacs : RK
• ineff_efm_indices : MetabolicNetwork
• init_knock_reacs : Options
• init_knocks_names : MetabolicNetwork

- k -

• key : UFES , RK
• knock_cand_reacs : MetabolicNetwork
• knock_reacs : RK

- m -

• max_efm_cands : Options
• max_path_length : RK
• max_reac_subset_length : Options
• max_rk_cands : EnumEffKnocks , Options
• max_rk_length : EnumEffKnocks
• max_ufes_length : EnumEffKnocks
• max_yields : MetabolicNetwork
• metab_network : UFES , EnumEffKnocks , RK
• min_core_yields : Options
• min_path_length : RK
• min_yields : Options , RK

- n -

• network_capacity : Options
• num_ems : BitEfm
• num_metabs : MetabolicNetwork
• num_modes : MetabolicNetwork
• num_reacs : MetabolicNetwork , BitEfm

- o -

• options : MetabolicNetwork
• output_fname : Options

- p -

• portion_time : EnumEffKnocks

- r -

• reacs_names : MetabolicNetwork

- s -

• stoich : BitEfm
• substrate_names : MetabolicNetwork
• substrate_reacs : Options

- t -

• target_names : MetabolicNetwork
• target_reacs : Options
• transport_names : MetabolicNetwork
• transport_reacs : Options

- u -

• ufes_enum_time : EnumEffKnocks
• ufes_map : EnumEffKnocks
• uncollapsed_eff_efm_indices : RK
• uncollapsed_ineff_efm_indices : RK
• use_xchg_reacs : Options

- y -

• yields : MetabolicNetwork
• yields_fname : Options