Here is a list of all struct and union fields with links to the structures/unions they belong to:

- a -

• add_reac() : RK
• add_reac_direct() : RK
• add_reacs() : RK
• algorithm : Options
• avg_path_length : RK

- b -

• bit_efm : MetabolicNetwork
• BitEfm() : BitEfm
• buffer : BitEfm
• bytes_per_efm : BitEfm

- c -

• can_collapse_ineff_modes() : EnumEffKnocks
• collapse_ems() : EnumEffKnocks
• collapsed_ineff_efm_indices : RK
• communicate_erk_map() : EnumEffKnocks
• communicate_ufes_map() : EnumEffKnocks
• compressed_mode : MetabolicNetwork
• compute_rank() : EnumEffKnocks
• compute_ranks_vector() : EnumEffKnocks
• compute_ranks_vector_bitwise() : EnumEffKnocks
• compute_reac_rank() : EnumEffKnocks
• config_fname : Options
• core_efm_indices : MetabolicNetwork
• core_efms : MetabolicNetwork
• core_min_yields : MetabolicNetwork

- e -

• eff_efm_indices : MetabolicNetwork
• efm_bit_fname : Options , BitEfm
• efm_indices : UFES
• efm_meta_fname : Options
• efm_yields : MetabolicNetwork
• enum_erk() : EnumEffKnocks
• enum_erk_direct() : EnumEffKnocks
• enum_erk_from_single_ufes() : EnumEffKnocks
• enum_ufes() : EnumEffKnocks
• enum_ufes_from_single() : EnumEffKnocks
• EnumEffKnocks() : EnumEffKnocks
• erk_enum_time : EnumEffKnocks
• erk_fname : EnumEffKnocks
• erk_map : EnumEffKnocks
• extract_growth_eff_and_ineff_modes() : MetabolicNetwork
• extract_production_eff_efms() : MetabolicNetwork

- f -

• fast_is_fes() : BitEfm
• file_length : BitEfm

- g -

• get_algorithm() : Options
• get_avg_path_length() : RK
• get_bit_efm() : MetabolicNetwork
• get_buffer() : BitEfm
• get_bytes_per_efm() : BitEfm
• get_config_fname() : Options
• get_core_efm_indices() : MetabolicNetwork
• get_core_efms() : MetabolicNetwork
• get_eff_efm_indices() : MetabolicNetwork
• get_efm_bit_fname() : Options
• get_efm_elem() : MetabolicNetwork
• get_efm_indices() : UFES
• get_efm_meta_fname() : Options
• get_efm_yields() : MetabolicNetwork
• get_erk_enum_time() : EnumEffKnocks
• get_erk_map() : EnumEffKnocks
• get_ineff_efm_indices() : MetabolicNetwork
• get_init_knock_reacs() : Options
• get_init_knocks_names() : MetabolicNetwork
• get_key() : UFES , RK
• get_knock_cand_reacs() : MetabolicNetwork
• get_knock_reacs() : RK
• get_max_efm_cands() : Options
• get_max_path_length() : RK
• get_max_reac_subset_length() : Options
• get_max_rk_cands() : Options
• get_max_yields() : MetabolicNetwork
• get_min_core_yields() : Options
• get_min_path_length() : RK
• get_min_yields() : Options
• get_network_capacity() : Options
• get_num_modes() : MetabolicNetwork , BitEfm
• get_num_reacs() : BitEfm , MetabolicNetwork
• get_options() : MetabolicNetwork
• get_output_fname() : Options
• get_reacs_names() : MetabolicNetwork
• get_substrate_names() : MetabolicNetwork
• get_substrate_reacs() : Options
• get_target_names() : MetabolicNetwork
• get_target_reacs() : Options
• get_transport_names() : MetabolicNetwork
• get_transport_reacs() : Options
• get_ufes_enum_time() : EnumEffKnocks
• get_ufes_map() : EnumEffKnocks
• get_uncollapsed_eff_efm_indices() : RK
• get_uncollapsed_ineff_efm_indices() : RK
• get_use_xchg_reacs() : Options
• get_yields() : MetabolicNetwork
• get_yields_fname() : Options

- i -

• inactive_reacs : RK
• ineff_efm_indices : MetabolicNetwork
• init_efm_yields() : MetabolicNetwork
• init_knock_reacs : Options
• init_knocks_names : MetabolicNetwork
• init_max_yields() : MetabolicNetwork
• init_yields() : MetabolicNetwork
• is_all_ems_collapsed() : EnumEffKnocks
• is_core_collapsed() : RK
• is_core_efms_collapsed() : MetabolicNetwork
• is_efm_elem_zero() : MetabolicNetwork , BitEfm
• is_fes() : EnumEffKnocks

- k -

• key : UFES , RK
• knock_cand_reacs : MetabolicNetwork
• knock_efms() : BitEfm
• knock_reacs : RK

- l -

• load() : Options
• load_efm_bit() : BitEfm
• load_efm_full() : MetabolicNetwork
• load_efm_meta_file() : Options

- m -

• max_efm_cands : Options
• max_path_length : RK
• max_reac_subset_length : Options
• max_rk_cands : EnumEffKnocks , Options
• max_rk_length : EnumEffKnocks
• max_ufes_length : EnumEffKnocks
• max_yields : MetabolicNetwork
• metab_network : RK , UFES , EnumEffKnocks
• MetabolicNetwork() : MetabolicNetwork
• min_core_yields : Options
• min_path_length : RK
• min_yields : RK , Options

- n -

• network_capacity : Options
• num_ems : BitEfm
• num_metabs : MetabolicNetwork
• num_modes : MetabolicNetwork
• num_reacs : MetabolicNetwork , BitEfm

- o -

• operator<< : RK
• Options() : Options
• options : MetabolicNetwork
• Options() : Options
• output_fname : Options

- p -

• portion_time : EnumEffKnocks
• print() : Options
• print_efm() : BitEfm
• print_erk() : EnumEffKnocks
• print_to_file() : Options
• print_ufes() : EnumEffKnocks

- r -

• rank_reac_for_direct_enumeration() : EnumEffKnocks
• reacs_for_knock() : EnumEffKnocks
• reacs_names : MetabolicNetwork
• read_single_efm() : BitEfm
• remove_efm() : BitEfm
• remove_zero_substrate_modes() : MetabolicNetwork
• retain_efm() : BitEfm
• RK() : RK

- s -

• set_erk_enum_time() : EnumEffKnocks
• set_ufes_enum_time() : EnumEffKnocks
• stoich : BitEfm
• substrate_names : MetabolicNetwork
• substrate_reacs : Options

- t -

• target_names : MetabolicNetwork
• target_reacs : Options
• test_knock_reacs2() : RK
• test_reac() : RK
• transport_names : MetabolicNetwork
• transport_reacs : Options

- u -

• UFES() : UFES
• ufes_enum_time : EnumEffKnocks
• ufes_map : EnumEffKnocks
• uncollapsed_eff_efm_indices : RK
• uncollapsed_ineff_efm_indices : RK
• use_xchg_reacs : Options

- y -

• yields : MetabolicNetwork
• yields_fname : Options