- a -

• add_reac() : RK
• add_reac_direct() : RK
• add_reacs() : RK

- b -

• BitEfm() : BitEfm

- c -

• can_collapse_ineff_modes() : EnumEffKnocks
• collapse_ems() : EnumEffKnocks
• communicate_erk_map() : EnumEffKnocks
• communicate_ufes_map() : EnumEffKnocks
• compute_rank() : EnumEffKnocks
• compute_ranks_vector() : EnumEffKnocks
• compute_ranks_vector_bitwise() : EnumEffKnocks
• compute_reac_rank() : EnumEffKnocks

- e -

• enum_erk() : EnumEffKnocks
• enum_erk_direct() : EnumEffKnocks
• enum_erk_from_single_ufes() : EnumEffKnocks
• enum_ufes() : EnumEffKnocks
• enum_ufes_from_single() : EnumEffKnocks
• EnumEffKnocks() : EnumEffKnocks
• extract_growth_eff_and_ineff_modes() : MetabolicNetwork
• extract_production_eff_efms() : MetabolicNetwork

- f -

• fast_is_fes() : BitEfm

- g -

• get_algorithm() : Options
• get_avg_path_length() : RK
• get_bit_efm() : MetabolicNetwork
• get_buffer() : BitEfm
• get_bytes_per_efm() : BitEfm
• get_config_fname() : Options
• get_core_efm_indices() : MetabolicNetwork
• get_core_efms() : MetabolicNetwork
• get_eff_efm_indices() : MetabolicNetwork
• get_efm_bit_fname() : Options
• get_efm_elem() : MetabolicNetwork
• get_efm_indices() : UFES
• get_efm_meta_fname() : Options
• get_efm_yields() : MetabolicNetwork
• get_erk_enum_time() : EnumEffKnocks
• get_erk_map() : EnumEffKnocks
• get_ineff_efm_indices() : MetabolicNetwork
• get_init_knock_reacs() : Options
• get_init_knocks_names() : MetabolicNetwork
• get_key() : UFES , RK
• get_knock_cand_reacs() : MetabolicNetwork
• get_knock_reacs() : RK
• get_max_efm_cands() : Options
• get_max_path_length() : RK
• get_max_reac_subset_length() : Options
• get_max_rk_cands() : Options
• get_max_yields() : MetabolicNetwork
• get_min_core_yields() : Options
• get_min_path_length() : RK
• get_min_yields() : Options
• get_network_capacity() : Options
• get_num_modes() : MetabolicNetwork , BitEfm
• get_num_reacs() : BitEfm , MetabolicNetwork
• get_options() : MetabolicNetwork
• get_output_fname() : Options
• get_reacs_names() : MetabolicNetwork
• get_substrate_names() : MetabolicNetwork
• get_substrate_reacs() : Options
• get_target_names() : MetabolicNetwork
• get_target_reacs() : Options
• get_transport_names() : MetabolicNetwork
• get_transport_reacs() : Options
• get_ufes_enum_time() : EnumEffKnocks
• get_ufes_map() : EnumEffKnocks
• get_uncollapsed_eff_efm_indices() : RK
• get_uncollapsed_ineff_efm_indices() : RK
• get_use_xchg_reacs() : Options
• get_yields() : MetabolicNetwork
• get_yields_fname() : Options

- i -

• init_efm_yields() : MetabolicNetwork
• init_max_yields() : MetabolicNetwork
• init_yields() : MetabolicNetwork
• is_all_ems_collapsed() : EnumEffKnocks
• is_core_collapsed() : RK
• is_core_efms_collapsed() : MetabolicNetwork
• is_efm_elem_zero() : BitEfm , MetabolicNetwork
• is_fes() : EnumEffKnocks

- k -

• knock_efms() : BitEfm

- l -

• load() : Options
• load_efm_bit() : BitEfm
• load_efm_full() : MetabolicNetwork
• load_efm_meta_file() : Options

- m -

• MetabolicNetwork() : MetabolicNetwork

- o -

• Options() : Options

- p -

• print() : Options
• print_efm() : BitEfm
• print_erk() : EnumEffKnocks
• print_to_file() : Options
• print_ufes() : EnumEffKnocks

- r -

• rank_reac_for_direct_enumeration() : EnumEffKnocks
• reacs_for_knock() : EnumEffKnocks
• read_single_efm() : BitEfm
• remove_efm() : BitEfm
• remove_zero_substrate_modes() : MetabolicNetwork
• retain_efm() : BitEfm
• RK() : RK

- s -

• set_erk_enum_time() : EnumEffKnocks
• set_ufes_enum_time() : EnumEffKnocks

- t -

• test_knock_reacs2() : RK
• test_reac() : RK

- u -

• UFES() : UFES